All modules for which code is available
- bionetgen.atomizer.atomizeTool
- bionetgen.atomizer.atomizer.analyzeSBML
- bionetgen.atomizer.atomizer.atomizationAux
- bionetgen.atomizer.atomizer.atomizerUtils
- bionetgen.atomizer.atomizer.detectOntology
- bionetgen.atomizer.atomizer.moleculeCreation
- bionetgen.atomizer.atomizer.resolveSCT
- bionetgen.atomizer.biogrid
- bionetgen.atomizer.bngModel
- bionetgen.atomizer.libsbml2bngl
- bionetgen.atomizer.parseAnnotation
- bionetgen.atomizer.rulifier.arial10
- bionetgen.atomizer.rulifier.componentGroups
- bionetgen.atomizer.rulifier.postAnalysis
- bionetgen.atomizer.sbml2bngl
- bionetgen.atomizer.sbml2json
- bionetgen.atomizer.utils.consoleCommands
- bionetgen.atomizer.utils.extractAtomic
- bionetgen.atomizer.utils.pathwaycommons
- bionetgen.atomizer.utils.readBNGXML
- bionetgen.atomizer.utils.smallStructures
- bionetgen.atomizer.utils.structures
- bionetgen.atomizer.utils.util
- bionetgen.atomizer.writer.bnglWriter
- bionetgen.core.defaults
- bionetgen.core.exc
- bionetgen.core.main
- bionetgen.core.notebook
- bionetgen.core.tools.cli
- bionetgen.core.tools.gdiff
- bionetgen.core.tools.info
- bionetgen.core.tools.plot
- bionetgen.core.tools.result
- bionetgen.core.tools.visualize
- bionetgen.core.utils.logging
- bionetgen.core.utils.utils
- bionetgen.core.version
- bionetgen.main
- bionetgen.modelapi.blocks
- bionetgen.modelapi.bngfile
- bionetgen.modelapi.bngparser
- bionetgen.modelapi.model
- bionetgen.modelapi.pattern
- bionetgen.modelapi.pattern_reader
- bionetgen.modelapi.rulemod
- bionetgen.modelapi.runner
- bionetgen.modelapi.structs
- bionetgen.modelapi.xmlparsers
- bionetgen.network.blocks
- bionetgen.network.network
- bionetgen.network.networkparser
- bionetgen.network.structs
- bionetgen.simulator.bngsimulator
- bionetgen.simulator.csimulator
- bionetgen.simulator.librrsimulator
- bionetgen.simulator.simulators